※各文化財の名称をクリックすると詳細な解説のファイル（PDF形式）をダウンロードできます。
| 名 称 | 所 在 地 | 指定区分 |
| 八釜の甌穴群 | 上浮穴郡久万高原町柳井川 | 国指定特別天然記念物 |
| カワウソ | （主な生息地）愛媛県・高知県 | 国指定特別天然記念物 |
| 八幡神社のイブキ | 宇和島市伊吹町 | 国 |
| 新居浜一宮神社のクスノキ群 | 新居浜市一宮町１丁目 | 国 |
| 王至森寺のキンモクセイ | 西条市飯岡 | 国 |
| 下柏の大柏（イブキ） | 四国中央市下柏町 | 国 |
| エヒメアヤメ自生南限地帯 | 松山市下難波 | 国 |
| 大山祇神社のクスノキ群 | 今治市大三島町宮浦 | 国 |
| 北吉井のビャクシン | 東温市樋口 | 国 |
| オキチモズク発生地 | 東温市吉久 | 国 |
| 砥部衝上断層 | 伊予郡砥部町岩谷口 | 国 |
| 三崎のアコウ | 西宇和郡伊方町三崎 | 国 |
| 八幡浜市大島のシュードタキライト及び変成岩類 | 八幡浜市大島 | 国 |
| 銅山峰のツガザクラ群落 | 新居浜市別子山 他 | 国 |
| 松山城山樹叢 | 松山市丸之内 | 県 |
| 湿地植物 | 今治市孫兵衛作 | 県 |
| 大クスノキ | 今治市別名 | 県 |
| ハマユウ | 宇和島市日振島 | 県 |
| 瑞応寺のイチョウ | 新居浜市山根町 | 県 |
| ソテツ | 新居浜市多喜浜 | 県 |
| 赤石山の高山植物 | 新居浜市・四国中央市にまたがる赤石山付近一帯 | 県 |
| 天満神社のクスノキ | 西条市坂元 | 県 |
| フジ | 西条市上喜多川 | 県 |
| 八幡神社社叢 | 大洲市阿蔵 | 県 |
| 矢落川のゲンジボタル発生地 | 大洲市田処から喜多山に至る | 県 |
| ハルニレ | 大洲市東宇山 | 県 |
| 西禅寺のビャクシン | 大洲市手成 | 県 |
| 金竜寺のイチョウ | 大洲市手成 | 県 |
| 森山のサザンカ | 大洲市森山 | 県 |
| 如法寺のツバキ | 大洲市柚木 | 県 |
| 棹の森 | 四国中央市妻鳥町 | 県 |
| シイ | 四国中央市富郷町 | 県 |
| イブキ | 四国中央市富郷町 | 県 |
| フジ | 四国中央市富郷町 | 県 |
| カヤ | 四国中央市富郷町 | 県 |
| カツラ | 四国中央市富郷町 | 県 |
| ツバキ | 四国中央市富郷町寒川山 | 県 |
| 扶桑木（珪化木） | 伊予市森大谷 | 県 |
| 鹿島のシカ | 松山市鹿島 | 県 |
| 南柿 | 松山市本谷 | 県 |
| イブキ | 松山市宮内 | 県 |
| カブトガニ繁殖地 | 西条市東予地区海岸一帯 | 県 |
| エノキ | 西条市玉之江 | 県 |
| お葉つきイチョウ | 四国中央市新宮町新瀬川 | 県 |
| 大川のクスノキ | 四国中央市土居町上野 | 県 |
| トウツバキ | 今治市新谷 | 県 |
| 衝上断層 | 西条市丹原町湯谷口 | 県 |
| モウソウチク林 | 西条市丹原町高松 | 県 |
| 子持ち杉 | 今治市玉川町木地 | 県 |
| 客神社の社叢 | 今治市菊間町西山 | 県 |
| 名駒のコミカン | 今治市吉海町名駒 | 県 |
| エジル石閃長岩 | 越智郡上島町岩城暮坂 | 県 |
| 舟形ウバメガシ | 越智郡上島町岩城三ツ谷 | 県 |
| 盛口のコミカン | 今治市上浦町井口 | 県 |
| 生樹の門（クスノキ） | 今治市大三島町宮浦 | 県 |
| ベニモンカラスシジミ | 東温市上林 | 県 |
| ウラジロガシ | 東温市河之内 | 県 |
| 城の山のイブキ自生地 | 松山市二神 | 県 |
| イヨダケの自生地 | 上浮穴郡久万高原町露峰 | 県 |
| カヤの樹叢 | 上浮穴郡久万高原町畑野川 | 県 |
| 東明神のコウヤマキ | 上浮穴郡久万高原町東明神 | 県 |
| カツラ | 上浮穴郡久万高原町杣野 | 県 |
| 乳出の大イチョウ | 喜多郡内子町中川 | 県 |
| イチイガシ | 喜多郡内子町本川 | 県 |
| ケヤキ | 喜多郡内子町本川 | 県 |
| 世善桜 | 喜多郡内子町上川 | 県 |
| 石畳東のシダレザクラ | 喜多郡内子町石畳 | 県 |
| ボダイジュ | 伊予市中山町出淵 | 県 |
| オガタマノキ | 伊予市双海町高野川 | 県 |
| イチイガシ | 大洲市肱川町中野 | 県 |
| シラカシ | 大洲市河辺町北平 | 県 |
| 用の山のサクラ | 大洲市河辺町北平 | 県 |
| ナギ | 西宇和郡伊方町中浦 | 県 |
| 須賀の森 | 西宇和郡伊方町三机 | 県 |
| 客人神社のアコウ | 西予市明浜町宮野浦 | 県 |
| 小屋の羅漢穴 | 西予市野村町小松 | 県 |
| 大イチョウ | 西予市城川町窪野 | 県 |
| ゴトランド紀石灰岩 | 西予市城川町窪野 | 県 |
| 田穂の石灰岩 | 西予市城川町田穂 | 県 |
| イトザクラ及びエドヒガン | 北宇和郡鬼北町内深田 | 県 |
| 蔵王神社のイチイガシ | 北宇和郡松野町吉野 | 県 |
| 逆杖のイチョウ | 北宇和郡松野町蕨生 | 県 |
| 二重柿 | 宇和島市津島町岩淵 | 県 |
| 宇和海特殊海中資源群 | 宇和島市津島町・南宇和郡愛南町 | 県 |
| サギソウ自生地 | 宇和島市津島町御内 | 県 |
| 大ウナギ | 宇和島市津島町岩松川 | 県 |
| ソテツ | 宇和島市津島町曽根 | 県 |
| 大島の樹林 | 南宇和郡愛南町長崎 | 県 |
| 万福寺のイヌマキ | 南宇和郡愛南町深浦 | 県 |
| 豊茂のスダジイ | 大洲市豊茂 | 県 |
| 無事喜地のタブノキ | 大洲市長浜町今坊 | 県 |